ECTS - University of Pisa
| Modules | Area | Type | Hours | Teacher(s) | |
| BIOPOLIMERI - STRUTTURA E INTERAZIONI | CHIM/06 | LEZIONI | 24 |
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Al termine del corso lo studente avrà acquisito le conoscenze sulla struttura ed i relativi metodi di indagine dei biopolimeri (con particolare attenzione per le proteine e i polipeptidi) e delle loro interazioni con molecole organiche.
By the end of the course the student will acquire the knowledge on the structure and related methods of investigation of biopolymers (mainly proteins and polypeptides) and their interactions with organic molecules.
Gli studenti verranno continuamente stimolati all’intervento critico durante le lezioni frontali, per verificare la comprensione degli argomenti trattati in tempo reale.
Students are continuously asked to intervene during lectures, to verify their understanding of the topics covered in real time.
Al termine del corso lo studente sarà in grado di comprendere ed analizzare in maniera critica articoli di letteratura relativi alla struttura dei biopolimeri (con particolare attenzione per le proteine e i polipeptidi) e alle loro interazioni con molecole organiche.
By the end of the course the student will be able to understand and critically analyze literature articles concerning the structure of biopolymers (mainly proteins and polypeptides) and their interactions with organic molecules.
Durante le lezioni si discuterà di casi di studio tratti dalla recente letteratura.
During the lectures, case studies taken from the recent literature will be discussed.
Lo studente acquisirà un atteggiamento critico e consapevole nei confronti della letteratura riguardante la struttura e interazione dei biopolimeri (con particolare attenzione per le proteine e i polipeptidi). Per una data specie biopolimerica, lo studente sarà in grado di pianificare gli esperimenti e le procedure computazionali da mettere in atto per studiarne la struttura tridemensionale. Per una coppia biopolimero/legante, lo studente sarà in grado di pianificare gli esperimenti e le procedure computazionali da mettere in atto per studiarne le modalità di interazione.
The student will acquire a critical attitude towards the scientific literature concerning the structure and interaction of biopolymers (mainly proteins and polypeptides). For a given biopolymer species, the student will be able to conceive the experiments and computational procedures to be run to study its 3D structure. For a biopolymer / ligand couple, the student will be able to conceive the experiments and computational procedures to be run to study how they interact.
Durante le lezioni in aula e i ricevimenti si potrà valutare lo stato degli strumenti critici maturati dagli studenti.
During the lectures and the appointments in office hours, the teacher will evaluate students' knowledge and development of skills.
Conoscenze di base della struttura e delle interazioni dei composti organici; fondamenti di stereochimica; principali concetti di termodinamica dell’equilibrio e di cinetica chimica; conoscenze della struttura e delle proprietà dei biopolimeri ricavate dal corso di biochimica; principi di modellistica moelcolare.
Basic knowledge on: structure and interaction of organic compounds; stereochemistry; main concepts in thermodynamics and kinetics; main concepts in structure and properties of biopolymers from Biochemistry course; principles of molecular modeling.
Il corso consiste in lezioni frontali alla lavagna e con l’uso di videoproiettore. La discussione e l’intervento degli studenti sono continuamente stimolati. Sono previste possibili esercitazioni in aula informatica.
Delivery: face to face
Learning activities: attending lectures and hands-on sessions
Attendance: Advised
Interazioni non covalenti
Tecniche chimico-fisiche, biofisiche, spettroscopiche e computazionali per la caratterizzazione della struttura biomacromolecolare e delle interazioni tra biomacromolecola e legante
Struttura dei polipeptidi e delle proteine
Termodinamica e cinetica dei processi di folding proteico
Cenni sulla struttura degli acidi nucleici
Interazioni tra biomacromolecole e molecole organiche: strutture supramoleculari e metodi di caratterizzazione
Per il programma dettagliato del corso consultare il registro delle lezioni dell'a.a. 2020/21 sul sito unimap
Non covalent interactions
Chemico-physical, biophysical, spectroscopic and computational techniques for the characterization of biomacromolecular structure and the interactions between biomacromolecules and ligands
Struttura dei polipeptidi e delle proteine
Thermodynamics and kinetcis of protein folding processes
Nucleic acid structure: DNA and representative RNA
Interactions between biomacromolecules and organic molecules: supramolecular structures and characterization techniques
For the detailed syllabus see class logbook on for the academic year 2020/21 on unimap website
Eric V. Anslyn, Dennis A. Dougherty, Modern Physical Organic Chemistry; University Science Books, 2006
C. Stan Tsai, Biomacromolecules: Introduction to Structure, Function and Informatics; Wiley, 2007
Amit Kessel, Nir Ben-Tal, Introduction to Proteins - Structure, function, and motion, 2nd ed.; CRC Press 2018
Stephen Neidle, Principles of Nucleic Acid Structure; Academic Press, 2008
Eric V. Anslyn, Dennis A. Dougherty, Modern Physical Organic Chemistry; University Science Books, 2006
C. Stan Tsai, Biomacromolecules: Introduction to Structure, Function and Informatics; Wiley, 2007
Amit Kessel, Nir Ben-Tal, Introduction to Proteins - Structure, function, and motion, 2nd ed.; CRC Press 2018
Stephen Neidle, Principles of Nucleic Acid Structure; Academic Press, 2008
1) Test scritto con domande a risposta aperta e lunghezza limitata;
2) esame orale a partire dall'analisi critica di un articolo di letteratura proposto dal docente o dallo studente / dalla studentessa.
1) Written text with open questions, to be answered within a limited space;
2) oral exam strating from the critical analysis of a literature paper chosen by the teacher or the student.
