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ENGINEERING METHODS AND TECHNOLOGIES FOR REGENERATIVE MEDICINE
CHIARA MAGLIARO
Academic year2023/24
CourseBIOMEDICAL ENGINEERING
Code917II
Credits12
PeriodSemester 1 & 2
LanguageItalian

ModulesAreaTypeHoursTeacher(s)
METODI BIOINGEGNERISTICI PER LA MEDICINA REGENERATIVAING-INF/06LEZIONI60
CHIARA MAGLIARO unimap
TECNOLOGIE BIOMEDICHE PER LA MEDICINA RIGENERATIVAING-INF/06LEZIONI60
ARTI DEVI AHLUWALIA unimap
Obiettivi di apprendimento
Learning outcomes
Conoscenze

Metodi bioingegneristici per la medicina regenerativa

Lo studente acquisirà conoscenze e strumenti per poter estrarre informazioni quantitative riguardanti  organizzazione di organi e tessuti, partendo da principi base dell'ottica, geometrica e non, alla base del funzionamento della microscopia tradizionale e avanzata, fino ad arrivare a principi base per l'elaborazione delle immagini acquisite.

Inoltre, si approfondiranno tecniche analitiche e supporto software per la valutazione dell'apporto di nutrienti di tessuti in vivo e in vitro, basandosi su modelli matematici e computazionali per applicazione al campo della medicina rigenerativa.

 

 

Tecnologie per la Medicina Regenerativa

Questo corso guiderà gli studenti nella progettazione di sistemi basati su cellule e tessuti da applicare allo sviluppo di modelli in vitro, organi artificiali e sistemi di rilascio utilizzando la tecnologia basata su cellule staminali, organoidi, materiali intelligenti e fabbricazione intelligente. Partendo da una descrizione quantitativa dell'insieme di cellule, tessuti e organi e delle loro esigenze in termini di risorse, condizioni microambientali, cooperazione e competizione, il corso copre i principi fondamentali della progettazione. Fornisce inoltre una panoramica completa della tecnologia delle cellule staminali, degli organoidi e dei chip, nonché dei modelli matematici di autoassemblaggio, crescita e differenziazione. Il lavoro del progetto includerà la progettazione e la simulazione di modelli in vitro.

Knowledge

Methods for Regenerative Medicine

The student will acquire knowledge and tools to be able to extract quantitative information regarding the organization of organs and tissues, starting from the basic principles of optics, geometric and otherwise, at the basis of the functioning of traditional and advanced microscopy, up to the basic principles for processing of the captured images.

Furthermore, analytical techniques and software support for the evaluation of the nutrient supply of tissues in vivo and in vitro will be deepened, based on mathematical and computational models for application to the field of regenerative medicine.

 

 

Technologies for Regenerative Medicine

This course will guide students in the design of cell and tissue-based systems for application to the development of in vitro models, artificial organs and delivery systems using technology based on stem cells, organoids, smart materials and smart fabrication.
Starting from a quantitative description of cell, tissue and organ assembly, and of their requirements in terms of resources, microenvironmental conditions, cooperation and competition, the course  covers fundamental design principles. It also provides a comprehensive overview of stem cell, organoid and on-chip technology as well as mathematical models of self-assembly, growth and differentiation. Project work will include design and simulation of in vitro models.

 

Modalità di verifica delle conoscenze

Metodi bioingegneristici per la medicina regenerativa

Lo studente sarà valutato in base alla capacità dimostrata di discutere i principali contenuti del corso (principi di ottica, funzionamenti di microscopi, modellizzazione FEM) utilizzando la terminologia appropriata. Verrà verificata la conoscenza della materia da parte dello studente, con particolare attenzione ai fondamenti teorici dell'ottica e ai suoi principi fisici, ai criteri di modellizzazione multifisicadi sistemi in vivo e in vitro utilizzando software FEM.

 

 

Tecnologie per la Medicina Regenerativa

Esame orale, con domande di calcolo e modellizzazione.

 

Assessment criteria of knowledge

Methods for Regenerative Medicine

The student will be evaluated on the basis of the demonstrated ability to discuss the main contents of the course (principles of optics, microscope operations, FEM modeling) using the appropriate terminology. The student's knowledge of the subject will be verified, with particular attention to the theoretical foundations of optics and its physical principles, to the multiphysics modeling criteria of in vivo and in vitro systems using FEM software.

 

 

 

Technologies for Regenerative Medicine

Oral exam with questions that involve calculations and modelling.

 

Capacità

Metodi bioingegneristici per la medicina regenerativa

Il corso si propone di dare agli studenti consapevolezze del funzionamento teorico/pratico dei microscopi comunemente utilizzati in ambito della bioingegneria, e della modellizzazione in silico utilizzando software per la simulazione multi-fisica di sistemi complessi.

 

Tecnologie per la Medicina Regenerativa

Gli studenti acquisiranno la conoscenza dei principi base di: i) biologia cellulare; ii) biologia delle cellule staminali; iii) organoidi; iv) interazioni cellula-matrice; v) interazione cellula-recettore; vi) metabolismo cellulare e tissutale, dal punto di vista ingegneristico.

Saranno in grado di stabilire criteri di progettazione per i tessuti ingegnerizzati e di utilizzarli per progettare semplici sistemi di coltura cellulare.

 

Skills

Methods for Regenerative Medicine

 The course aims at giving students awareness of the theoretical/practical functioning of microscopes commonly used in the field of bioengineering, and of in silico modeling using software for the multi-physics simulation of complex systems.

 

 

Technologies for Regenerative Medicine
Students will gain an understanding of basic principles of: i) cell biology; ii) stem cell biology; iii) organoids; iv) cell-matrix interactions; v) cell-receptor interaction; vi) cell and tissue metabolism,  from an engineering point of view.

They will be able to  establish design criteria for engineered tissues and use them to design simple cell culture systems.

 

Modalità di verifica delle capacità

Metodi bioingegneristici per la medicina regenerativa

Sarà possibile verificare l'acquisizione delle competenze nel corso di lezioni frontali ed esercitazioni che riguarderanno in particolare applicazioni in microscopia e modellizzazione multifisica applicata alla medicina rigenerativa. 

Le competenze verranno verificate durante la prova orale/scritta, in cui valuterà la capacità di utilizzare gli strumenti teorici e computazionali discussi durante il corso.

 

Tecnologie per la Medicina Regenerativa

La valutazione verrà effettuata attraverso compiti in aula ed esami

 

Assessment criteria of skills

Methods for Regenerative Medicine

 It will be possible to verify the acquisition of skills during lectures and exercises which will concern in particular applications in microscopy and multiphysics modeling applied to regenerative medicine. The skills will be verified during the oral/written exam, in which the ability to use the theoretical and computational tools discussed during the course will be assessed.

 

 

Technologies for Regenerative Medicine

Assessment will be performed through classwork and exams

 

Comportamenti

Metodi bioingegneristici per la medicina regenerativa

I comportamenti che si ritiene lo studente possa acquisire sono:

  • Comprensione base della fisica alla base del funzionamento dei microscopi
  • Comprensione e utilizzo degli strumenti base per l'elaborazione e delle immagini ottenute tramite microscopi
  • Sensibilità nei confronti della analisi e della risoluzione di problematiche legate alla costruzione di tessuti e organi in vitro, in modo analitico e utilizzando strumenti software;

 

Tecnologie per la Medicina Regenerativa

Gli studenti saranno in grado di eseguire semplici calcoli sul metabolismo cellulare e sull'interazione dei recettori. Saranno in grado di distinguere tra organoidi, sferoidi e costrutti tissutali basati su impalcature. Saranno in grado di generare semplici modelli 3D di flusso di reazione-diffusione

 

Behaviors

Methods for Regenerative Medicine

The behaviors that the student is believed to acquire are:

  • Basic understanding of the physics behind how microscopes work
  • Understanding and use of the basic tools for processing and images obtained through microscopes
  • Sensitivity towards the analysis and resolution of problems related to the construction of tissues and organs in vitro, in an analytical way and using software tools;

 

 

Technologies for Regenerative Medicine

Students will be able to perform simple calculations on cell metabolism and receptor interaction. They will be able to distinguish between organoids, spheroids and scaffold based tissue constructs. They will be able to generate simple 3D models of reaction-diffusion-flow

Modalità di verifica dei comportamenti

Metodi bioingegneristici per la medicina regenerativa

I comportamenti saranno verificati tramite:

  • Domande rivolte agli studenti nel corso delle lezioni frontali, per verificare l’acquisizione e il consolidamento dei concetti trattati;
  • Svolgimento di esercizi in classe;
  • Esame orale/scritto, con esercizi e domande di teoria

 

 

Tecnologie per la Medicina Regenerativa

La valutazione verrà effettuata attraverso compiti in aula ed esami

 

Assessment criteria of behaviors

Methods for Regenerative Medicine

 The behaviors will be verified through:

  • Questions to students during the frontal lessons, to verify the acquisition and consolidation of the concepts covered;
  • Carrying out exercises in class;
  • Oral/written exam, with exercises and theory questions

 

 

Technologies for Regenerative Medicine

Classworks and exams.

Prerequisiti (conoscenze iniziali)

Metodi bioingegneristici per la medicina regenerativa

Sono necessarie conoscenze consolidate di base di fisica e matematica e base di MATLAB. Sono inoltre necessarie conoscenze relative a meccanica, chimica e biochimica e i fenomeni di massa, di calore e di energia.

 

Tecnologie per la Medicina Regenerativa

Gli studenti dovranno conoscere le equazioni fondamentali dei trasporti, alcuni aspetti verranno brevemente ripresi all'inizio del corso

 

 

 

Prerequisites

Methods for Regenerative Medicine

Strong knowledge of basic physics and mathematics and basic MATLAB are required. Knowledge of mechanics, chemistry and biochemistry and the phenomena of mass, heat and energy are also required.

 

 

Technologies for Regenerative Medicine

Students should have an appreciation of the basic equations of transport, some aspects will be briefly revised at the beginning of the course

 

Prerequisites for further study

 

 

Indicazioni metodologiche

Metodi bioingegneristici per la medicina regenerativa

  • Lezioni
  • Apprendimento a base di attività / apprendimento basato sui problemi / apprendimento basato sulla ricerca

Presenza consigliata

 

Tecnologie per la Medicina Regenerativa

A. Attività didattiche:

  • Frequentando lezioni

 

Metodi di insegnamento:

  • Lezioni interattive usando computer (software COMSOL)
  • Apprendimento a base di attività / apprendimento basato sui problemi / apprendimento basato sulla ricerca

Presenza: consigliato

B. 

Attività didattiche:

  • Frequentando lezioni

 Metodi di insegnamento:

  • Lezioni
  • Apprendimento a base di attività / apprendimento basato sui problemi / apprendimento basato sulla ricerca

Presenza: consigliato

Teaching methods

Methods for Regenerative Medicine

 Lessons Activity Based Learning / Problem Based Learning / Inquiry Based Learning

Attendance recommended

 

 

Technologies for Regenerative Medicine

Lessons, case studies, reasing of literature, mathematical analysis, ose of computational tools

Programma (contenuti dell'insegnamento)

Metodi bioingegneristici per la medicina regenerativa

Principi fondamentali dei fenomeni di massa, energia e calore. Utilizzo di software per la modellizzazione multi fisica dei sistemi complessi, in particolare la risoluzione della simulazione, la visualizzazione dei risultati e l'elaborazione dei dati ottenuti.

 

Principi fondamentali di ottica geometrica. Funzionamento di microscopi ottici, a fluorescewnza, confocali, due fotoni, light-sheet. Principi di ottica ondulatoria. Funzionamento di microscopi a super-risoluzione. Principi base di elaborazione delle immagini.

 

 

Tecnologie per la Medicina Regenerativa

Principi fondamentali dei fenomeni di trasporto. Principi di base di biochimica e biologia cellulare. Modelli quantitativi di interazione cellula-materiale, assemblaggio cellulare e organizzazione 3D. Relazioni allometriche (legge di potenza) negli organismi. Criteri di progettazione per costrutti di tessuti 3D. Tecnologia delle cellule staminali, Effetti paracrini per indurre la rigenerazione dei tessuti, cellule staminali pluripotenti indotte, organoidi (intestino, fegato, cervello). Bioreattori fluidici e progettazione di organi e corpi su chip utilizzando metodi computazionali.

Syllabus

Methods for Regenerative Medicine

 Teaching material. Material provided by the teacher, lesson slides, exercises

 

Technologies for Regenerative Medicine

Basic principles of transport phenomena. Basic principles of biochemistry and cell biology. Quantitative Models of cell-material interaction, cell assembly and 3D organisation. Allometric (power law) relationships in organisms. Design criteria for 3D tissue constructs. Stem cell technology, Paracrine effects to induce tissue regeneration, induced pluripotent stem cells, organoids (Intestine, liver, brain). Fluidic bioreactors and organ and body on a chip design using computational methods.

Bibliografia e materiale didattico

Metodi bioingegneristici per la medicina regenerativa

Dispensa e materiale didattico.

Materiale fornito sal docente,Slide delle lezioni, esercizi

 

 

Tecnologie per la Medicina Regenerativa

Appunti e diapositive.

Fare riferimento anche a: Fondamenti di ingegneria dei tessuti per la medicina rigenerativa Mantero Sara - Remuzzi Andrea - Raimondi Manuela Teresa - Ahluwalia Arti ISBN/EAN: 978885553039

 

Bibliography

Methods for Regenerative Medicine

Notes and slides. Materials provided by the teacher.

 

 

Technologies for Regenerative Medicine

Notes and slides.

Also refer to:

Fondamenti di ingegneria dei tessuti per la medicina rigenerativa Mantero Sara - Remuzzi Andrea - Raimondi Manuela Teresa - Ahluwalia Arti   ISBN/EAN: 978885553039

 

Indicazioni per non frequentanti

Le lezioni verranno registrate se necessario.

Non-attending students info

Lessons will be recorded if necessary

Modalità d'esame

Metodi bioingegneristici per la medicina regenerativa

Esame e lavoro in classe

 

 

 

Tecnologie per la Medicina Regenerativa

Esame e lavoro in classe

Assessment methods

Methods for Regenerative Medicine

Oral exam with theory and calculations

 

 

 

Technologies for Regenerative Medicine

Exams and classworks

Altri riferimenti web

 

Tecnologie per la Medicina Regenerativa

http://www.centropiaggio.unipi.it/course/meccanobiologia.html

 

Additional web pages

Methods for Regenerative Medicine

Info will be provided on MS Teams.

 

Technologies for Regenerative Medicine

Info will be provided on Teams and on my homepage (http://www.centropiaggio.unipi.it/~ahluwalia)

 

Updated: 29/08/2023 09:54