ECTS - University of Pisa
Corso Integrato di Microbiologia
CORE CURRICULUM
Virologia generale
Virologia speciale
Batteriologia generale
Batteriologia speciale
Micologia
Scopo del corso è consentire agli studenti di acquisire le cognizioni necessarie per la comprensione dei rapporti che si stabiliscono tra agenti infettivi (virus, batteri e miceti) e ospite, al fine di conseguire una adeguata conoscenza delle basi biologiche delle malattie infettive. Tale finalità viene raggiunta attraverso lo studio delle proprietà strutturali e biologiche degli agenti infettivi e dei meccanismi con cui questi esplicano l’azione patogena. Scopo del corso è inoltre fornire le basi per la programmazione e la interpretazione delle procedure diagnostiche di laboratorio delle malattie da infezione.
The student who completes the course successfully will be able to demonstrate a solid knowledge of the biology, structure, morphogenesis, chemical and genetic organization, replication, of Pathogenic Infectious Agents (Viruses, Bacteria and Fungi).
Acquired knowledge is focused to the understanding of the interaction of infectious agents with the human host cells, tissues, organs; to focus on the natural and induced immunological response, on infectious disease pathogeneses and development (infection, re-infection, endogenous reactivation).
The student will, therefore, be able to choose competently among the available laboratory direct and indirect diagnoses assay (with conventional and biomolecular approaches) and master principles of intervention (anti-microbiological agents, immunotherapy, vaccination) and evolution control.
Le conoscenze verranno verificate attraverso la prova d'esame.
Ai fini dell'attribuzione del voto finale, espresso in trentesimi, la commissione valuterà i seguenti aspetti:
The student will be assessed, by final oral exam, on his/her ability to discuss, with critical awareness, using the appropriate terminology, the subjects and issues presented in the attending lectures, and on the ability to master the decision-making process of selection of the appropriate laboratory diagnostic procedures in any specific clinical situation prospected.
Lezioni frontali con frequenza obbligatoria.
Attività di apprendimento:
Metodo di insegnamento:
Diapositive disponibili in formato pdf su piattaforma web e-learning
Delivery face to face.
Attendance of the lectures is mandatory.
Learning activities:
Teaching methods:
Slides available in pdf format on e-learning web platform
PROGRAMMA DEL CORSO INTEGRATO DI MICROBIOLOGIA
Batteriologia generale
Posizione dei microorganismi nel mondo vivente e criteri di classificazione dei principali gruppi di batteri di interesse medico
Citologia e fisiologia batterica: struttura, biosintesi, funzione e ruolo nella virulenza degli involucri e dei flagelli, fimbrie e pili batterici. Il genoma batterico, la ricombinazione e i meccanismi di trasferimento genetico dei batteri.
Il metabolismo batterico (aerobio, anaerobio, fermentativo) e le esigenze nutrizionali dei batteri.
Struttura e proprietà delle spore batteriche.
La crescita batterica a livello cellulare e di popolazione. Terreni di coltura liquidi e solidi, organici e sintetici, selettivi, differenziali e di arricchimento. Coltivazione dei microrganismi anaerobi.
Basi molecolari della tossicità selettiva dei chemioantibiotici. La farmaco-resistenza: meccanismi genetici e fenotipici di farmaco-resistenza.
Diagnostica microbiologica: metodi diretti (esame batterioscopico, isolamento ed identificazione dei microrganismi); metodi indiretti (test seriologici) nelle infezioni microbiche. L’antibiogramma: principi e metodi.
Rapporti ospite-parassita nelle infezioni batteriche. Meccanismi di virulenza e patogenicità batterica. L’immunità nelle infezioni batteriche.
Batteriologia speciale
Morfologia, caratteri colturali, isolamento ed identificazione, determinanti di patogenicità, patogenesi dell’infezione, immunità, diagnosi di laboratorio dei seguenti batteri:
Cocchi Gram+: Stafilococchi, Streptococchi, Pneumococco
Cocchi Gram-: Meningococco, gonococco
Enterobatteri (Salmonella, Shigella, E. coli).
Vibrio cholerae.
Brucella.
Haemophilus influenzae e Bordetella pertussis.
Bacillus anthracis.
Clostridium botulinum, C. tetani, C. difficile e clostridi della gangrena gassosa.
Corynebacterium diphtheriae.
Mycobacterium tuberculosis e micobatteri non tubercolari.
Organismi spiraliformi (Treponema pallidum, Borrelia, Leptospira).
Clamidie, Rickettsie, Micoplasmi.
Patogeni opportunisti.
Virologia Generale
Morfologia, struttura, dimensioni e composizione chimica dei virus. Classificazione.
I batteriofagi. Ciclo litico e lisogeno. Trasduzione.
Replicazione produttiva dei virus animali: penetrazione, espressione e replicazione del genoma virale, maturazione e rilascio. Ciclo abortivo. Virus difettivi.
Elementi di genetica virale.
Meccanismi di persistenza dei virus nelle cellule e nell’ospite e di resistenza delle cellule contro i virus.
Effetti dei virus sulle cellule: alterazioni strutturali, funzionali e antigeniche, immortalizzazione e trasformazione.
Storia naturale e meccanismi di danno delle infezioni virali.
Meccanismi innati e adattivi di resistenza contro i virus. Modalità di elusione.
Bersagli per l’azione degli agenti virali.
Diagnosi di laboratorio delle infezioni virali: approcci diretti e indiretti
Virologia Speciale
Caratteri strutturali, antigenici e biologici, potere patogeno, epidemiologia (cenni), diagnosi di laboratorio, profilassi immunitaria dei virus seguenti:
Virus a DNA: Hepadna, Papilloma, Polyoma, Adeno, Herpes, Parvovirus.
Virus a RNA: Picorna-, Flavi-, Toga-, Orthomyxo-, Paramyxo-, Rabdo-, Filovirus.
Retrovirus.
Patogeni non convenzionali: i prioni.
Micologia
Proprietà generali dei miceti ed organizzazione cellulare. Classificazione dei miceti di interesse medico.
Miceti patogeni per l’uomo. Micosi superficiali e micosi profonde.
Candida, Aspergillus, Cryptococcus
INTEGRATED COURSE PROGRAM OF MICROBIOLOGY General bacteriology Position of microorganisms in the living world and classification criteria of the main groups of bacteria of medical interest Bacterial cytology and physiology: structure, biosynthesis, function and role in the virulence of envelopes and flagella, bacterial fimbriae and pili. The bacterial genome, recombination and the genetic transfer mechanisms of bacteria. Bacterial metabolism (aerobic, anaerobic, fermentative) and the nutritional needs of bacteria. Structure and properties of bacterial spores. Bacterial growth at the cellular and population level. Liquid and solid, organic and synthetic, selective, differential and enrichment media. Cultivation of anaerobic microorganisms. Molecular basis of the selective toxicity of chemoantibiotics. Drug resistance: genetic and phenotypic mechanisms of drug resistance. Microbiological diagnostics: direct methods (bacterioscopic examination, isolation and identification of microorganisms); indirect methods (serological tests) in microbial infections. The antibiogram: principles and methods. Host-parasite relationships in bacterial infections. Mechanisms of virulence and bacterial pathogenicity. Immunity in bacterial infections. Special bacteriology Morphology, cultural characteristics, isolation and identification, determinants of pathogenicity, pathogenesis of the infection, immunity, laboratory diagnosis of the following bacteria: Gram + Cocci: Staphylococci, Streptococci, Pneumococcus Gram- Cocci: Meningococcus, gonococcus Enterobacteria (Salmonella, Shigella, E. coli). Vibrio cholerae. Brucella. Haemophilus influenzae and Bordetella pertussis. Bacillus anthracis. Clostridium botulinum, C. tetani, C. difficile and gas gangrene clostridia. Corynebacterium diphtheriae. Mycobacterium tuberculosis and non-tuberculous mycobacteria. Spiral organisms (Treponema pallidum, Borrelia, Leptospira). Chlamydiae, Rickettsiae, Mycoplasma. Opportunistic pathogens.
General Virology Virus morphology, structure, size and chemical composition. Classification. Bacteriophages. Lytic and lysogenic cycle. Transduction. Productive replication of animal viruses: penetration, expression and replication of the viral genome, maturation and release. Abortive cycle. Defective viruses. Elements of viral genetics. Mechanisms of virus persistence in cells and host and cell resistance against viruses. Effects of viruses on cells: structural, functional and antigenic alterations, immortalization and transformation. Natural history and damage mechanisms of viral infections. Innate and adaptive mechanisms of resistance against viruses. Circumvention procedure. Targets for the action of viral agents. Laboratory diagnosis of viral infections: direct and indirect approaches Special Virology Structural, antigenic and biological characteristics, pathogenic power, epidemiology (hints), laboratory diagnosis, immune prophylaxis of the following viruses: DNA viruses: Hepadna, Papilloma, Polyoma, Adeno, Herpes, Parvovirus. RNA viruses: Picorna-, Flavi-, Toga-, Orthomyxo-, Paramyxo-, Rabdo-, Filovirus. Retrovirus. Unconventional pathogens: prions. Mycology General properties of fungi and cellular organization. Classification of mycetes of medical interest. Pathogenic fungi for humans. Superficial mycoses and deep mycoses. Candida, Aspergillus, Cryptococcus
Testi consigliati
ANTONELLI, CLEMENTI, POZZI, ROSSOLINI (A CURA DI) “PRINCIPI DI MICROBIOLOGIA MEDICA“, 3A ED., CASA EDITRICE AMBROSIANA, MILANO, 2017.
SCHERRIS: “MICROBIOLOGIA MEDICA“, 5A ED., EMSI, Edizioni Mediche Scientifiche Internazionali – ROMA, 2013
LA PLACA: “PRINCIPI DI MICROBIOLOGIA MEDICA“, 13A ED., SOCIETÀ EDITRICE ESCULAPIO, BOLOGNA, 2012.
Testi di consultazione
MIMS, DOCKRELL, GOERING, ROITT, WAKELIN, ZUCKERMAN. “MICROBIOLOGIA CLINICA”, 3A ED, EMSI, Edizioni mediche scientifiche internazionali – Roma, 2006.
ANTONELLI, CLEMENTI (A CURA DI): “PRINCIPI DI VIROLOGIA MEDICA“, 2A ED., CASA EDITRICE AMBROSIANA, MILANO, 2012. FIELDS, “VIROLOGY”, 5a ed., Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, 2007.
PRESENTAZIONI PDF DELLE LEZIONI SU SITO E-LEARNING
Recommended texts
ANTONELLI, CLEMENTI, POZZI, ROSSOLINI (EDITED BY) "PRINCIPLES OF MEDICAL MICROBIOLOGY", 3rd ED., AMBROSIANA PUBLISHING HOUSE, MILAN, 2017.
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LA PLACA: “PRINCIPLES OF MEDICAL MICROBIOLOGY“, 13th ED., ESCULAPIO PUBLISHING COMPANY, BOLOGNA, 2012.
Consultation texts
MIMS, DOCKRELL, GOERING, ROITT, WAKELIN, ZUCKERMAN. "CLINICAL MICROBIOLOGY", 3rd ED, EMSI, International scientific medical editions - Rome, 2006.
ANTONELLI, CLEMENTI (EDITED BY): “PRINCIPLES OF MEDICAL VIROLOGY“, 2nd ED., AMBROSIANA PUBLISHING HOUSE, MILAN, 2012. FIELDS, “VIROLOGY”, 5th ed., Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, 2007.
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Esame orale agli appelli ufficiali.
Final oral exam.
RICEVIMENTO STUDENTI
I docenti ricevono su appuntamento concordato via e-mail telefono.
Teachers are available for meetings and tutorials. Appointments should be fixed by e-mail or phone call.
