Scheda programma d'esame
METODI COMPUTAZIONALI IN CHIMICA FARMACEUTICA
GABRIELLA MARIA PIA ORTORE
Anno accademico2021/22
CdSFARMACIA
Codice370CC
CFU3
PeriodoSecondo semestre
LinguaItaliano

ModuliSettoreTipoOreDocente/i
METODI COMPUTAZIONALI IN CHIMICA FARMACEUTICACHIM/08LEZIONI21
GABRIELLA MARIA PIA ORTORE unimap
Obiettivi di apprendimento
Learning outcomes
Conoscenze

Il corso si propone di fornire le conoscenze di base sui metodi computazionali comunemente utilizzati per effettuare simulazioni e previsioni di fenomeni correlati alla sfera farmaceutica. 

Gli studenti apprenderanno e utilizzeranno la meccanica e dinamica molecolare per simulare le interazioni chimiche e la loro evoluzione; il docking per simulare il binding farmaco-target; i modelli farmacoforici per guidare il drug design; QSAR e QSPR per la predizione di dati incogniti.

Knowledge

The course aims to provide basic knowledge on computational methods commonly used to carry out simulations and predictions of phenomena related to the pharmaceutical sphere.

Students will learn and use molecular mechanics and dynamics to simulate chemical interactions and their evolution; docking to simulate drug-target binding; pharmacophoric models to guide drug design; QSAR and QSPR for predicting unknown data.

Modalità di verifica delle conoscenze

Le conoscenze acquisite saranno verificate tramite una tesina finale

Assessment criteria of knowledge

The acquired knowledge will be verified through a final thesis

Capacità

Alla fine del corso lo studente sarà in grado di definire il tipo di studio computazionale possibile in base ai dati disponibili, e di utilizzare alcuni programmi di modellazione molecolare

Skills

At the end of the course the student will be able to define the type of computational study possible based on the available data, and to use some molecular modeling programs

Modalità di verifica delle capacità

Le capacità saranno verificate con un lavoro computazionale svolto nel laboratorio informatico

Assessment criteria of skills

The skills will be verified with a computational work carried out in the computer lab

Comportamenti

Lo studente potrà sviluppare capacità di interazione con strumenti informatici mirati a studi computazionali

Behaviors

The student will be able to develop interaction skills with COMPUTER tools aimed at computational studies

Modalità di verifica dei comportamenti

La familiarità con l'uso degli strumenti informatici verrà verificata e promossa dal docente seguendo le attività dei singoli studenti durante le sessioni di laboratorio 

Assessment criteria of behaviors

Familiarity with the use of computer tools will be verified and promoted by the teacher following the activities of individual students during the laboratory sessions

Prerequisiti (conoscenze iniziali)

Conoscenze di base sulla modalità d'interazione dei farmaci con il loro target. Conoscenze informatiche di base.

Prerequisites

Basic knowledge on how drugs interact with their target. Basic computer skills.

Programma (contenuti dell'insegnamento)

Ricerca ed analisi tridimensionale delle proteine: ruolo del binding site e dei residui nella stabilizzazione dei ligandi. Meccanica e dinamica molecolare applicate alla modellazione farmaceutica. Studi receptor based e ligand based: metodi computazionali (Docking, Homology Modeling, Cavity Detection, 3D-Qsar e Modelli Farmacoforici ) e programmi comunemente utilizzati. Cenni su Virtual Screening e predizioni ADMET.

Syllabus

Research and three-dimensional analysis of proteins: role of the binding site and residues in the stabilization of ligands. Mechanics and molecular dynamics applied to pharmaceutical modeling. Receptor based and ligand based studies: computational methods (Docking, Homology Modeling, Cavity Detection, 3D-Qsar and Pharmacophoric Models) and commonly used programs. Notes on Virtual Screening and ADMET predictions.

Bibliografia e materiale didattico

Il materiale didattico sarà fornito dal docente tramite le piattaforme Moodle e Teams. Sarà richiesta l'installazione del software UCSF Chimera sul proprio PC.

Bibliography

The teaching material will be provided by the teacher through the Moodle and Teams platforms.

You will be required to install the UCSF chimera software on your PC.

Modalità d'esame

Stesura di una tesina finale, inerente alle metodiche apprese

Assessment methods

The composition of a final thesis, inherent to the methods learned

Ultimo aggiornamento 04/12/2021 09:25