ECTS - University of Pisa
Scheda programma d'esame
ADE - DEVELOPMENT AND EVALUATION OF MOLECULAR TECHNIQUES AND QUANTITATIVE DETERMINATION OF GENE SEQUENCES 
MAURIZIA ROSSANA BRUNETTO
Academic year2023/24
CourseBIOMEDICAL LABORATORY TECHNIQUES
Code872ZW
Credits2
PeriodSemester 2
LanguageItalian

ModulesAreaTypeHoursTeacher(s)
ADE - MESSA A PUNTO E VALUTAZIONE DI TECNICHE MOLECOLARI QUALI-QUANTITATIVE DI DETERMINAZIONE DI SEQUENZE GENICHE (RT-PCR E DIRECT SEQUENCING)NNLABORATORI16
MAURIZIA ROSSANA BRUNETTO unimap
Obiettivi di apprendimento
Conoscenze

L’ADE si pone come obiettivo di introdurre lo studente alle tecniche di biologia molecolare, con particolare riferimento al loro uso in ambito virologico. Si prefigge quindi di far acquisire allo studente  le conoscenze e le competenze di base per l’effettuazione di test semplici test di biologia molecolare, quali estrazione ed amplificazione degli acidi nucleici
Modalità di verifica delle conoscenze

Durante l'ADE verranno verrà effettuata periodicamente una revisione critica  degli argomenti trattati

 

 
Capacità

Sviluppare la manualità base per processare un campione ai fini dell'effettuazione di procolli base (estrazione e amplificazione di acido nucleico, RNA e DNA)
Modalità di verifica delle capacità

Durante l'ADE verranno effettuate prova pratiche in laboratorio applicando protocolli precedentemente discussi

 
Comportamenti

Lo studente dovrebbe acquisire le conoscenze utili:

  • a comprendere il flusso del campione biologico da analizzare per una caratterizzazione di biologia molecolare
  • a conoscere l'organizzazione del laboratorio in funzione delle tecnologie a disposizione
  • a identificare i passaggi critici nella processazione del campione e i fattori interferenti sul risultato
  • a comprendere l'importanza dell'appropriatezza nella scelta del test da effettuare in funzione del quesito clinico
Modalità di verifica dei comportamenti

Le lezioni teoriche saranno intervallate da momenti di discussione degli argomenti risultati più complessi

Durante la parte pratica verrà verificatà l'acqusizione della corretta manualità

 
Prerequisiti (conoscenze iniziali)

Le conoscenze (teoriche e pratiche) acquisite durante il corso di laurea
Indicazioni metodologiche

Lezioni frontali con supporto di presentazioni (diapositive)

Attività pratica in laboratorio

Modalità telematica per trasferimento di materiale didattico ed eventuale proposta da parte dello studente di approfondimenti teorici o pratici
Programma (contenuti dell'insegnamento)
  • Sinergia fra clinica e laboratorio per comprendere la storia naturale delle infezioni e malattie virali
  • Tecniche base di biologia molecolare per lo studio degli acidi nucleici: descrizione della tecnica di ibridizzazione con analisi dei processi critici. Esempi di applicazione in ambito virologico
  • Tecniche per la determinazione quantitativa degli acidi nucleici: dall'ibridizzazione su supporto solido o in fase liquida all'amplificazione del segnale o del target.
  • Breve storia della scoperta della PCR. Principi alla base della PCR. Real time PCR: specificità e processi operativi. Quantizzazione assoluta vs quantizzazione relativa. Droplet Digital PCR.
  • Sequenziazione: metodo Sanger manuale e automatizzato. NGS: descrizione delle diverse piattaforme tecnologiche. Applicazione pratica dei metodi di sequenziazione con particolare attenzione al significato delle diverse soglie di sensibilità e capacità di quantizzazione
  • Tecniche per lo studio dei Single Nucleotide Polymorphisms.
  • MicroRNA: criticità per la messa a punto di tecniche per la quantizzazione su siero/plasma o su tessuto. HBsAg e miRNA
  • Descrizione delle tecniche di clonaggio. Applicazione delle tecniche di biologia molecolare per lo studio della biologia di HBV e per la caratterizzazione del portatore di infezione
  • Condivisione e discussione dei protocolli di estrazione e amplificazione degli acidi nucleici: procedura di PCR qualitativa (HBV) e nested PCR (HDV)
  • Condivisione e discussione dei protocolli di  amplificazione degli acidi nucleici con PCR real time e di caratterizzazione della variabilità genetica
Syllabus

• Synergy between clinic and laboratory to understand the natural history of viral infections and diseases

• Basic molecular biology techniques for the study of nucleic acids: description of the hybridization technique with analysis of critical processes. Examples of application in the virological field

• Techniques for the quantitative determination of nucleic acids: from hybridization on solid support or in liquid phase to signal or target amplification.

• A brief history of the discovery of PCR. Principles behind the PCR. Real time PCR: specificity and operational processes. Absolute quantization vs relative quantization. Droplet Digital PCR.

• Sequencing: manual and automated Sanger method. NGS: description of the different technological platforms. Practical application of sequencing methods with particular attention to the meaning of the different sensitivity thresholds and quantization capabilities

• Techniques for the study of Single Nucleotide Polymorphisms.

• MicroRNA: critical for the development of quantization techniques on serum / plasma or on tissue. HBsAg and miRNA

• Description of cloning techniques. Application of molecular biology techniques for the study of HBV biology and for the characterization of the carrier of infection

• Sharing and discussion of nucleic acid extraction and amplification protocols: qualitative PCR (HBV) and nested PCR (HDV) procedure

• Sharing and discussion of nucleic acid amplification protocols with real time PCR and characterization of genetic variability

Bibliografia e materiale didattico

Articoli relativi ai singoli argomenti trattati
Bibliography

Articles relating to the individual topics covered
Modalità d'esame

Prova teorico/pratica: consiste nell'effettuazione di un test di biologia molecolare (estrazione ed amplifciazione di acido nucleico, RNA o DNA).

Durnate  la revisione critica della procedura effettuata verranno discussi gli aspetti terorici ad essa correlati

 

 
Assessment methods

Theoretical / practical test: consists in carrying out a molecular biology test (extraction and amplification of nucleic acid, RNA or DNA).

After the critical review of the procedure carried out, the related issues will be discussed
Updated: 14/02/2024 12:01