ECTS - University of Pisa
| Modules | Area | Type | Hours | Teacher(s) | |
| INFORMATICA MEDICA | INF/01 | LEZIONI | 37.50 |
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Corso Integrato di Informatica Medica
CORE CURRICULUM
L'era dei dati omics rende necessario espandere le conoscenze di analisi e manipolazione di grandi quantità di dati per gli studenti di area medica. Il corso si propone di analizzare l'acquisizione di informazioni dal dominio pubblico mediante tecniche di text-mining basate su natural language processing e machine learning. L'integrazione di questi dati con dati sperimentali e clinici al fine di avere una ampia base di conoscenza da cui partire per affrontare problemi medici complessi. Il passo successivo è l'identificazione di biomarcatori per la stratificazione di pazienti e l'individuazione di pathway cellulari che forniscano i meccanismi molecolari delle patologie e delle terapie adeguate. Infine, la possibilità di simulare sistemi biologici serve a chiarire allo studente come possano essere effettuati esperimenti o trial clinici in silico. Al termine del corso lo studente conoscerà le tecniche computazionali moderne per analizzare insiemi di dati biomedici complessi.
The student will acquire knowledge on the computational techniques for the analysis of comples biomedical data and, in general, on the foundations of data bases design.
Le conoscenze acquisite verrano verificate mediante la preparazione da parte dello studente di un elaborato scritto argomentativo in cui individua la strategia ottimale per affrontare un problema medico complesso mediante tecniche computazionali.
Written test.
Al termine del corso lo studente avrà acquisito la capacità di individuare gli strumenti computazionali più adeguati alle problematiche biomediche e avrà la capacità di distinguere e comprendere i vari tipi di dato disponibili nel settore. Sarà inoltre in grado di accedere a risorse di pubblico dominio quali basi di dati e siti specialistici per analisi computazionali. Lo studente riuscirà ad interrogare basi di dati costruendo sempllici queries in linguaggio SQL.
The student will learn how to identify the suitable computational tools for biomedical applications and how to access public resourches such as data bases. The student will learn also how to construct suitable queries to data bases.
Esame scritto
Written test.
Lo studente potrà consapevolmente selezionare le metodiche più adeguate e i tipi di dati migliori per rispondere alle esigenze di analisi e sperimentazione.
The student will learn how to identify the suitable computational tools for biomedical applications and how to access public resourches such as data bases. The student will learn also how to construct suitable queries to data bases.
Esame scritto
Written test.
Elementi basilari di statistica, biologia molecolare e biochimica.
Basic notions of statistics, molecular biology and biochemistry.
Nessuno
None
Nessuno
None
Le lezioni saranno lezioni frontali in cui vengono introdotte le tematiche. Alcune lezioni o parti di lezione presenteranno applicazioni pratiche e esercizi di preparazione alla prova finale. Saranno organizzate anche lezioni pratiche per l'utilizzo di tecnologie informatiche specifiche.
Lectures, demonstrations and exercises.
Main problems addressed through computational tools and ideal pipeline. Text-mining Integration of different types of data by networks Identification of biomarkers Analysis of biological pathways Dynamic models and simulation Available public resources Representation and use of information, introduction to databases and to the SQL language
Le slide presentate alle lezioni e articoli scientifici suggeriti dal docente.
Slides and scientific articles made available by the teacher.
Nessuna
None
Esame scritto
Written test.
No
no
RICEVIMENTO STUDENTI
I docenti ricevono su appuntamento preso via e-mail o per telefono.
None
