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ECOLOGY
IACOPO BERTOCCI
Academic year2023/24
CourseBIOLOGICAL SCIENCES
Code073EE
Credits9
PeriodSemester 1 & 2
LanguageItalian

ModulesAreaTypeHoursTeacher(s)
ECOLOGIABIO/07LEZIONI88
IACOPO BERTOCCI unimap
FABIO BULLERI unimap
Obiettivi di apprendimento
Learning outcomes
Conoscenze

Lo studente avrà acquisito conoscenze in merito ai meccanismi che determinano la distribuzione e l'abbondanza delle specie, ai principi fondamentali dell'ecologia sperimentale ed agli impatti antropici sui sistemi naturali

Knowledge

Students will be able to demonstrate a solid understanding of: (1) the processes that shape the distribution, abundance and diversity of species in natural environments, including the influence of abiotic drivers and biological interactions, (2) the problem of pattern and scale with the analysis of variability at multiple scales in space and time through hierarchical sampling designs (3) the logical foundations of the experimental analysis of species distribution and diversity, (4) the relation between biodiversity and ecosystem functioning.

Modalità di verifica delle conoscenze

La verifica delle conoscenze avviene mediante una continua discussione tra il docente e gli studenti degli argomenti trattati.

Assessment criteria of knowledge

Students will be assessed on their understanding of: (1) the role of competition, herbivory, predation and the influence of the abiotic environment in determining patterns of distribution, abundance and diversity of species in nature, (2) the problem of pattern and scale and their ability to quantify spatial and temporal variation in ecological variable using hierarchical sampling designs, (3) the logical and methodological principles underpinning ecological experiments, (4) the relation between biodiversity and ecosystem functioning, including available experimental evidence and (5) the main effects of climate change, resource overexploitation and other human impacts on biodiversity.

Methods:

  • Intermediate written tests
  • Final oral exam
Comportamenti

 

Modalità di verifica dei comportamenti

 

Prerequisiti (conoscenze iniziali)

Lo studente è invitato a verificare l'esistenza di eventuali propedeuticità consultando il Regolamento del Corso di studi relativo al proprio anno di immatricolazione. Un esame sostenuto in violazione delle regole di propedeuticità è nullo (Regolamento didattico d’Ateneo, art. 24, comma 3)

Indicazioni metodologiche
  • lezioni frontali, con ausilio di slide
  • laboratorio in aula: utilizzo  singolo od in gruppi di PC personali degli studenti
  • laboratorio: simulazione di campionamento di organismi di battigia di costa rocciosa mediante utilizzo di foto, seguita da analisi statistica dei dati per la stima di componenti di varianza a scale spaziali multiple
  • Comunicazione con gli studenti mediante ricevimento e posta elettronica

 

Teaching methods
  • Front lectures with PowerPoint slides
  • Class practices using students' own computers, individually or in small groups
  • Laboratory: simulation of a field sampling of rocky intertidal organisms using photographs; statstical analysis of data: estimation of variance components at multiple spatial scales
  • Possibility to arrange individual or group meetings with students, online or in person
Programma (contenuti dell'insegnamento)
  • La corrispondenza tra organismi ed ambiente: Adattamento; concetti ed esempi di ecotipo, ecocline e polimorfismo.
  • Le condizioni ambientali. Temperatura; pH; salinità; interazioni tra differenti condizioni ambientali .
  • Le risorse rinnovabili e non-rinnovabili. La luce come risorsa, utilizzo da parte delle piante terrestri, intensità della luce e fotosintesi, variazioni sistematiche e non-sistematiche, luce in ambienti acquatici. Molecole inorganiche come risorse. Il concetto di risorsa limitante. Interazioni tra risorse ed interazioni tra condizioni ambientali e risorse.
  • Le popolazioni: definizione di individui unitari e modulari; definizione dei confini di una popolazione e concetto di campionamento; Processi che determinano la taglia/densità di una popolazione; specie semelpare e iteropare, mortalità e natalità, popolazioni aperte e chiuse, metapopolazioni, fattori che determinano i tassi di immigrazione/emigrazione tra subpopolazioni, popolazioni sorgente e pozzo.
  • Implicazioni della connessione tra popolazioni nell'ambito della riabilitazione di ambienti degradati e dell'istituzione di aree protette; Frammentazione dell’habitat e corridoi ecologici; tipi di corridoio e fattori che regolano la loro funzionalità; Introduzione alla demografia: l'accrescimento esponenziale e geometrico.
  • Le interazioni tra organismi: la competizione intra-specifica ed inter-specifica, per sfruttamento ed interferenza, simmetrica ed asimmetrica. Competizione inter-specifica: gli esperimenti di Gause sui Parameci e gli esperimenti di Connell sui cirripedi. Relazioni tra competizione intra- ed inter-specifica.
  • .Il concetto generale di predazione: classificazioni dei predatori. Fattori che regolano gli effetti degli erbivori sui produttori primari. La resistenza agli erbivori: difese chimiche e morfologiche. La tolleranza agli erbivori: regolazione e capacità di compensazione nelle piante.
  • Fattori storici ed evoluzione della tolleranza. Pascolo e competizione inter-specifica: suscettibilità al pascolo e gerarchie competitive tra produttori primari.
  • Predatori generalisti e specialisti; tipologie e variabilità di preferenze alimentari. Le fluttuazioni nelle popolazioni di prede e predatori; cicli preda-predatore: esempi in ecosistemi naturali ed artificiali, gli esperimenti di Gause e l'importanza dei rifugi per le prede. Cenni sul modello di Lotka-Volterra.
  • Risposte funzionali del predatore a variazioni nella densità delle prede. Il parassitismo: distinzione tra commensalismo e parassitismo, tra macroparassiti e microparassiti e tra emiparassiti ed oloparassiti. La trasmissione dei parassiti: importanza della densità e distribuzione della popolazione ospite; variabilità nella suscettibilità al parassitismo all'interno di una popolazione di ospiti.
  • Le interazioni positive tra specie: la facilitazione generata da stress ambientale o dalla pressione dei consumatori. La stress gradient hypothesis: esempi in ambienti terrestri. Meccanismi di facilitazione in ambienti intertidali e subtidali.
  • Le specie fondatrici e la facilitazione a cascata: il caso di studio dello Spanish moss e Quercus virginiana: esame del modello generale degli effetti di Quercus su Spanish moss e degli effetti sugli invertebrati. Feed-back negativo del facilitatore secondario sulla specie fondatrice: da facilitazione a parassitismo. Specie fondatrici e ripristino di habitat degradati. Il mutualismo: Meccanismi comportamentali, il caso delle piante e delle formiche: da mutualismo ad assoggettamento. L'allevamento come forma di mutualismo.
  • Dispersione di semi e impollinazione: fiori specialisti e generalisti; Specializzazione estrema nelle orchidee e sfruttamento di impollinatori aplodiploidi. Le micorrize, l'ssociazione tra Zooxantelle e polipi dei coralli, i licheni. I fissatori di azoto: le leguminose e i rizobi.
  • La nicchia ecologica: varie definizioni, nicchia fondamentale e nicchia realizzata; il lavoro di Connell sui cirripedi come esempio. Ampiezza e sovrapposizione delle nicchie come forze che determinano la co-esistenza tra specie, spostamento dei caratteri e ruolo dell'eterogeneità spaziale e temporale. Differenze nella nicchia e differenze nella fitness delle specie come forze che determinano la co-esistenza tra specie. Espansione della nicchia realizzata da parte di interazioni positive tra specie.
  • Interazioni positive, nicchia ecologica e co-esistenza; Importanza del concetto di nicchia a cui si fa riferimento: La distribuzione di una pianta arbustiva sull’Isola di Maiorca come esempio. Le conseguenze dell’espansione della nicchia realizzata causata da interazioni positive per la competizione tra specie, importanza dell'eterogeneità ambientale ed analisi nel contesto di differenze tra specie in termini di nicchia e di fitness. "Climate envelope models" come strumento per prevedere la distribuzione delle specie in scenari di riscaldamento globale e potenziale ruolo delle interazioni positive.
  • Cicli biogeochimici: caratteristiche generali; ciclo del carbonio: descrizione ed effetti delle attività antropiche; effetto serra e previsioni sul riscaldamento climatico; acidificazione degli oceani: meccanismi ed effetti sugli organismi.
  • Ciclo dell’azoto: schema generale, trasformazioni dell’azoto, impatto delle attività antropiche; ciclo del fosforo: schema generale, trasformazioni del fosforo in mare, impatto delle attività antropiche.
  • Il disturbo come fattore che determina la struttura delle comunità; attributi del disturbo. Intensità dell’evento di disturbo e transizioni tra stati alternativi: esempi da scogliere coralline tropicali. La relazione tra disturbo e la ricchezza di specie: la Intermediate Disturbance Hypothesis.
  • Biodiversità: contesto biogeografico, tabelle specie-abbondanze, indivci di diversità, numeri di Hill
  • La decomposizione: definizione ed importanza nei sistemi naturali. Fattori che determinano la velocità di decomposizione. Microflora e detritivori in ambiente terrestre e aquatico; la catena del detrito in praterie di fanerogame marine; Ruolo interattivo di microflora e detritivori nella decomposizione.
  • Contesto logico per il test di ipotesi in ecologia: l'approccio ipotetico deduttivo. Modelli, teorie e spiegazioni; test di falsificazione. Esempi da ambienti terrestri e marini.
  • Critiche al metodo ipotetico-deduttivo; definizione di esperimento e differenza tra studi manipolativi e correlativi.
  • Variabilità biologica e concetto di campionamento: identificazione e descrizione della popolazione rilevante per l'ipotesi testata e distribuzione di frequenza come metodo per rappresentare la variabilità; parametri di locazione e dispersione e loro stima; campionamento rappresentativo; utilizzo e cautela nella conduzione di campionamenti random; concetto di accuratezza e precisione; test statistico dell'ipotesi nulla (monete truccate come esempio); distribuzione normale e distribuzione normale standard.
  • Valori tabulati della distribuzione standard normale; test statistici ad una coda e a due code; la distribuzione delle medie campionarie: errore standard ed intervallo di confidenza.
  • Utilizzo dell’intervallo di confidenza di medie campionarie; La distribuzione t di Student, limiti ed intervallo di confidenza. Fattori che influenzano la precisione e l'accuratezza della stima della media campionaria: Probabilità utilizzata per costruire l’intervallo di confidenza, taglia del campione, varianza della popolazione esaminata. Importanza della descrizione del campionamento e statistiche campionarie. Introduzione al test di ipotesi: t-test e confronto tra due popolazioni.
  • Confronto tra due popolazioni mediante t-test; Errore di Tipo I ed errore di Tipo II.
  • La potenza di un test statistico, definizione e fattori che la influenzano: probabilità di errore di Tipo I, taglia del campione, varianza della popolazione e taglia dell'effetto. Comparazione delle medie di due popolazioni mediante t-test: comparazioni appaiate (prima-dopo) e comparazioni non-appaiate; assunzioni del t-test.
  • Esperimenti manipolativi: assegnazione delle unità sperimentali ai trattamenti; Sorgenti di variabilità (errore sistematico, casuale e dovuto ad altre sorgenti) e loro controllo (replicazione, randomizzazione ed interspersione). Il concetto di pseudoreplicazione; la stratificazione come strategia di campionamento in ambienti eterogenei.
  • Differenze tra più di due gruppi sperimentali: esempi ecologici. Introduzione all'analisi della varianza: sorgenti di variabilità e ripartizione algebrica della variabilità totale in variabilità tra gruppi ed entro gruppi. Devianze e varianze attese. Il modello lineare e la statistica F.
  • Le assunzioni dell'analisi della varianza: distribuzione normale, omogeneità delle varianze ed indipendenza delle osservazioni. Effetti della violazione delle assunzioni sul test F.
  • Fattori fisssi e fattori random: implicazioni concettuali e pratici per il calcolo della variabilità tra i livelli di un fattore.
  • Disegni gerarchizzati e disegni ortogonali: concetti fondamentali e finalità. Il modello lineare e la ripartizione algebrica della variabilità totale nei disegni gerarchizzati.
  • Il test F nei disegni gerarchizzati: numeratore, denominatore e potenza del test. La pseudoreplicazione nel tempo ed i disegni gerarchizzati come soluzione.
  • Il concetto di scala in ecologia: risoluzione ed estensione ed esempi di studi a scale spaziali multiple. L'estrazione delle componenti di varianza in disegni gerarchizzati.
  • Definizione di biodiversità; complementarietà e selezione (effetto campionamento); approcci sperimentali: esempi di primi esperimenti BEF (Ecotron e Cedar Creek) e soluzioni alternative; il problema della densità.

 

Syllabus
  • The correspondence between organisms and the environment: adaptation, concepts and examples of ecotypes, ecoclines and polymorphism.
  • The environmental conditions. Temperature; pH; salinity; interactions among environmental conditions.
  • Renewable and not renewable resources. Light as a resource, its use by terrestrial plants, light intensity and photosynthesis, systematic and not systematic variations, light in aquatic environments. Inorganic molecules as resources. Limiting resources. Interactions among resources and between environmental conditions and resources.
  • Populations: definition of individual and modular organisms; definition of the borders of a population and sampling; Driving processes of the size/density of a population; semelparity and iteroparity, mortality and natality, open and closed populations, metapopulations, driving factors of immigration and emigration rates among subpopulations, source and sink populations.
  • Implication of connectivity among populations for the restoration of degraded environments and the establishment of protected areas. Habitat fragmentation and ecological corridors; types of corridors. Introduction to demography: exponential and geometric growth.
  • Biological interactions: intra- vs. interspecific, direct vs. indirect, symmetrical and asymmetrical competition. Interspecific competition: Gause's experiments on protists and Connell's experiments on barnacles. Relationships between intra- and interspecific competition.
  • The general concept of predation: classifications of predators. Effects of herbivores on primary producers and underlying factors. The resistance to herbivores: chemical and morphological defence. The tolerance to herbivores: regulation and compensatory ability of plants.
  • Evolution of tolerance. Grazing and interspecific competition.
  • Generalist and specialized predators: types of food preference. Fluctuations in prey and predator populations in naturl and experimental systems. Notes of the Lotka-Volterra model.
  • Functional responses of predators to variations of the density of preys. Parasitism: definition of commensalism vs. parasitism, macroparasites vs. microparasites, emiparasites vs. holoparasites. The trasmission of parasites: the importance of density and distribution of hosts; variation of the susceptibility to parasites within a host population.
  • Positive interactions: facilitation indiced by environmental stress or consumer pressure. The Stress GRadient Hypothesis. Mechanisms of facilitation in intertidal and subtidal environments.
  • Foundation species and facilitation cascades: Spanish moss and Quercus virginiana as a case study. Negative feed-back of the secondary facilitator on the foundation species. Foundation  species and the restoration of degraded habitats. Mutualism: behavioural mechanisms; interaction between plants and ants: from mutualism to exploitation. Farming as a kind of mutualism.
  • Seed dispersion and pollination: generalist and specialized flowers; mychorrizes, unicellular algae and coral polyps. Nitrogen fixation: the role of rhizobes.
  • Ecological niche: definitions, fundamental and realized niche; Connell's study on barnacles as an example. Width and overlapping of niches as drivers of species coexistence. Differences in the niches and in the fitness as drivers of species coexistence. Expansion of the realized niche caused by positive interactions.
  • Positive interactions, ecological niche and coexistence: the importance of the examined concept of niche: the distribution of a shrub plant on Mallorca island as an example. "Climate envelope models" as a tool to predict the distribution of species under global warming scenarios and the role of positive interactions.
  • Biogeochemical cycles: general features; carbon cycle: general view, greenhouse effect, ocen acidification, effects on organisms.
  • Nitrogen cycle: general view, impact of human activities; phosphorous cycle: general view, transformations of P in the sea, impact of human activities.
  • Disturbance as a driver of community structure; attributes of disturbance. Intensity of disturbance and alternative states: examples from tropical coral reefs. The Intermediate Disturbance Hypothesis.
  • Biodiversity: biopgeographical context, species-abundances tables, diversity indexes, Hill's numbers
  • Decomposition: definition and importance in natural systems. Drivoing factors of the decomposition rates. Microbes and detritivores in terrestrial and aquatic environments. Interaction between microbes and detritivores during the decomposition process.
  • A logical framework for hypothesis testing in Ecology: the hypothetical-deductive approach. Models, theories and explanation; falsification test.
  • Critiques to the  hypothetical-deductive approach; definition of experiment, manipulative vs. correlative studies.
  • Biological variability and sampling: identification and description of the relevant population fopr hypothesis testing and frequency distribution as a tool to represent variability; location anddispersion parameters; representative sampling; use and caveats of randomized sampling; accuracy and precision; statistical testing of null hypothesis (coin toss as an example); normal distribution and standard normal distribution.
  • Tabulated values of the standard normal distribution; one- and two-tailed tests; Distribution of sample means: standard error and confidence interval.
  • Use of the confidence interval of sample means; Student's t distribution, confidence limits and interval. Factors affecting precision and accuracy. Probability used to build the confidence interval, sample size, population variance. Introduction to hypothesis-testing: t-test and comparison between two populations.
  • Type I and Type II error.
  • The power of a statistical test, definition and driving factors: probability of Type I error, sample size, population variance, effect size. Comparison of population means through t-test: paired (before-after) and unpaired contrasts; assumptions of the t-test.
  • Manipulative experiments: Allocation of experimental units to treatments; sources of variation (systematic, random, other errors)  and their control (replication, randomization and interspersion). The concept of pseudoreplication; Stratification as a sampling strategy in heterogeneous environments.
  • Differences among more than two experimental groups: ecological examples. Introduction to analysis of variance: sources of variation and the partition of total variability into among-groups and within-group variation. The linear model and the F statistic.
  • The assumptions fo analysis of variance: normal distribution, homogeneity of variances, independence of observations. Effects of violations of assumptions on F test.
  • Fixed and random factors.
  • Nested and orthogonal designs: basic concepts and goals. The linear model and the partition of total variability in nested designs.
  • The F test in nested designs: numerator, denominator and power of the test. Temporal pseudoreplication and nested designs and the solution.
  • The concept of scale in Ecology: resolution, extension and examples of studies at multiple spatial scales. The calculation of variance components in nested designs.
  • Definition of biodiversity; complementarity and selection (sampling effect); experimental approaches; the first experiments on BEF (Biodiversity and Ecosystem Functioning): Ecotron and Cedar Creek and alternative options; the problem of density.
Bibliografia e materiale didattico

PER ARGOMENTI GENERALI

– Begon, M. J., Harper, L. Townsend, C. R. 1989. Ecologia. Individui, popolazioni, comunità. Zanichelli.

– Ricklefs R.E. 1999. L’economia della natura. Zanichelli. – Chapman J. L., Reiss M. J. 1992. Ecologia. Principi e Applicazioni. Zanichelli

– Dispense, articoli e diapositive delle lezioni

 

PER LA PARTE SPERIMENTALE

– Dispense, articoli e diapositive delle lezioni

 

PER APPROFONDIMENTI

– Underwood, A. J. 1997. “Experiments in ecology: their logical design and interpretation using analysis of variance”. Cambridge University Press.

 

Bibliography

FOR GENERAL TOPICS

– Begon, M. J., Harper, L. Townsend, C. R. 1989. Ecologia. Individui, popolazioni, comunità. Zanichelli.

– Ricklefs R.E. 1999. L’economia della natura. Zanichelli. – Chapman J. L., Reiss M. J. 1992. Ecologia. Principi e Applicazioni. Zanichelli

– Scientific articles, lecture notes and slides

 

FOR EXPERIMENTAL ECOLOGY

– cientific articles, lecture notes and slides

 

FOR DETAILS

– Underwood, A. J. 1997. “Experiments in ecology: their logical design and interpretation using analysis of variance”. Cambridge University Press.

 

Indicazioni per non frequentanti

Nessuna

Modalità d'esame
  • compitini in itinere
  • esame orale
Note

Commissione d'esame:

Presidente: Prof. Fabio Bulleri

Membri: Prof. Iacopo Bertocci; Dott.ssa Chiara Ravaglioli

 

Presidente supplente: Prof. Iacopo Bertocci

Membri supplenti:Prof. Fabio Bulleri; Dott.ssa Ludovica Pedicini

Notes

Examination board:

President: Prof. Fabio Bulleri

Members: Prof. Iacopo Bertocci; Dr. Chiara Ravaglioli

 

Substitute president: Prof. Iacopo Bertocci

Substitute membersi:Prof. Fabio Bulleri; Dr. Ludovica Pedicini

Updated: 05/08/2023 18:37